港口区拥有大海港优势、面向东盟的区位优势、生态优势、资源优势。其中防城港是西部地区第一大港、华南地区第三大港、我国最主要的12个枢纽港之一，其水深、岸阔、避风、腹地宽，设计年吞吐能力可超过10亿吨，现有万吨至20万吨级深水泊位27个，与120多个国家和地区的250多个港口通商通航，年吞吐量占访广西沿海港口总吞吐量的70%，已从2006年的3000多万吨跨越到2013年的1.2亿吨。企沙港是广西第二大渔港，也是国家边境重要的贸易口岸，拥有2000吨级的泊位7个，是集商贸、渔业于一体的综合港口。防城港是连接中国与东盟的交通主枢纽和海陆门户，被称为“中国东盟首站”。两大天然良港为港口区以及防城港市乃至广西的经济发展发挥了巨大的作用。
        港口区所辖港口海洋运输较我国其他港口距离东盟各国、中东国家，大洋洲、欧洲、美洲地区港口距离短、运价低。港口班期密度大、出航快、运期短；港口陆域疏集运输系统发达，高速公路和铁路直通港口，与全国铁路、公路联网，实现海铁集装箱联运，是大西南与东盟乃至世界各国贸易往来便捷的出海口。